广州、深圳、珠海3个边检总站,共48个边检站。
广州出入境边防检查总站业务管辖范围为广东省广州市、佛山市、东莞市、肇庆市,辖13个边检站,分别是:天河、白云、黄埔、洲头嘴、番禺、新塘、南沙、南海、东莞、肇庆、佛山边检站等。深圳出入境边防检查总站下辖18个边检站,分别是罗湖、皇岗(副厅级)、深圳湾、蛇口、文锦渡、机场、盐田、沙头角、笋岗、大铲湾、西九龙、惠州、深圳机场等。珠海出入境边防检查总站原先辖拱北、九洲、湾仔、横琴、高栏、万山、斗门和茂盛围8个边检站,后广东区域4个总站辖区调整,珠海总站新增中山、湛江、江门、开平、新会、台山、阳江、茂名、港珠澳大桥边检站等9个边检站,共计17个边检站;