华西医科大学最初不愿并入四川大学的原因可归纳为以下几点：
保持医学教育的独立性
华西拥有110年的医学教育传统和完整的学科体系，是亚洲顶尖的医学类院校。合并后可能失去独立性，影响其作为顶尖医科院校的发展。
科研经费与资源限制
合并后华西的科研经费可能受到川大资源分配的影响，尤其医学专项经费可能减少，制约其科研创新能力。
品牌与声誉保护
华西作为独立品牌具有极高声誉，合并可能引发其他高校效仿使用“华西”名称，导致品牌混淆。
历史与政策因素
当时高校合并多由行政划调整驱动，华西可能因历史原因或政策压力选择顺应合并趋势，而非主动寻求独立。
需要说明的是，合并后华西在学科建设、临床资源等方面仍保持优势，且双方合作促进了区域医学教育的发展。关于是否应独立的问题，仍是学术界讨论的焦点。
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