万州区有以下亮点学校，涵盖基础教育、职业教育和特色发展：
- 弹子学校
（艺术特色）：以弹子版画为特色，获评义务教育阶段艺术特色学校- 地宝中心小学（体育特色）：以羽毛球为特色，获评义务教育阶段体育特色学校
- 重庆万州外国语学校（体育特色）：以跳绳为特色，获评义务教育阶段体育特色学校
职业教育优势学校
- 三峡医药高等专科学校： 全国同类型学校综合排名前三，医护、中医药专业突出 
- 幼儿师范专科学校：中西部地区综合排名榜首，专注幼儿教育
- 三峡职业学院：农科专业在川渝地区领先，填补重庆飞机设备维修专业空白
- 重庆安全技术职业学院：全国仅3所同类学校，专注安全监管与技能培训
- 万州高级中学：
高考重本率、本科率常年居万州第一，获评多项荣誉
- 万州第二高级中学：市级重点中学，足球特长生培养试点校
- 万州上海中学：近年形成特色，参与青少年编程与智能设计大赛
新建优质学校
2020年新开工的 万二中高峰分校（涵盖初高中）、 高铁初级中学（含小学至高中）等，将提升区域教育资源。
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